Proteome informatics, YMU

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如何輸入交互作用資料

使用文字編輯器編輯html檔案，例如

<html>
<head>
<title>Example</title>
</head>
<body>
<h2>Example</h2>
<hr>
<applet code="GraphInteraction.class" width=800 height=380>
<param name=functionlist value="prot1#fu1,prot2#fu1,prot3#fu3,prot7#fu3,prot4#fu2/fu1,prot5#fu2">
<param name=interaction value="prot1-prot3,prot1-prot2,prot2-prot3,prot3-prot4,prot6-prot7,prot5-prot6">
<param name=functionkey value="fu1#Function1,fu2#Function2,fu3#Function3">
alt="Your browser understands the <APPLET> tag but isn't running the applet, for some reason."
Your browser is completely ignoring the <APPLET> tag!
</applet>
<hr>
<a href="example_so.html">The HTML source</a>.
</body>
</html>

將此範例存到與那5個”.class”的檔案同一個目錄之下，只須修改紅色的部分即可。這個程式提供了三個參數，分別是interaction、functionlist、及functionkey

n Interaction：放的是蛋白質交互作用的pair，每對pair用逗號分開

<param name=interaction value="蛋白1-蛋白2,蛋白2-蛋白3,蛋白5-蛋白6">

n Functionlist：放是是每個蛋白質的功能，放法是蛋白質#功能的代號。每個蛋白可以有兩種以上的功能。每筆資料一樣以逗號分隔

<param name=functionlist value="蛋白1#功能代號1,蛋白1#功能代號2,蛋白3#代號3>

n Functionkey：放的是功能代號與功能全名的對應，注意功能代號與全名的對應必須是1對1的，否則會出現error

<param name=functionkey value="功能代號1#全名1,代號2#全名2,代號3#全名3">

如此設定完成之後，即可利用這隻程式觀察您的資料了

安裝與使用說明請參閱：http://ymbc.ym.edu.tw/proteome/interact/install_usage.htm

參考文獻

本文件編譯自 http://www.charite.de/bioinformatics/interaction/owndata.html

　

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Last updated on Apr. 24, 2002 by ymbc@ym.edu.tw