Proteome informatics, YMU

安裝與使用說明

用途

此java applet程式主要是用來圖示蛋白質交互作用的情形，使用者可以輸入自己的蛋白質交互作用的data，交由此程式顯示交互作用的網路。

安裝

下載網址：http://www.charite.de/bioinformatics/interaction/download.zip，解壓縮之後可看到5個附檔名為”.class”的檔案，程式的運作基本上只須要這5個檔案即可

使用

n          Freeze

勾選這個選項後，圖形就會被固定住，不會再移動。

n          依照蛋白質的功能來顯示

如圖所示，此程式允許使用者依照蛋白質的功能來選擇要顯示那些蛋白質的交互作用

n          選擇要顯示幾層的網絡

(顯示以PSE1為中心，1層的交互作用)

(顯示以PSE1為中心，1層的交互作用)

這個功能允許使用者以一個蛋白質為中心，去選擇要看幾層的蛋白質用的情形。

n          顯示蛋白質的功能

勾選Show_function可在蛋白質旁顯示功能

輸入交互作用資料請參閱： http://ymbc.ym.edu.tw/proteome/interact/data_loading.htm

參考文獻

• 本文件編譯自 http://www.charite.de/bioinformatics/interaction/index.html

• Mrowka, R. (2001) A Java applet for visualizing protein–protein interaction. Bioinformatics 17, 669-671

Last updated on Apr. 24, 2002 by ymbc@ym.edu.tw